Размер:
A A A
Цвет: C C C
Изображения Вкл. Выкл.
Обычная версия сайта
Логин
Пароль
EN

Федеральный исследовательский центр 
«Красноярский научный центр
Сибирского отделения Российской академии наук»

 Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук»

Федеральный исследовательский центр 
«Красноярский научный центр
Сибирского отделения Российской академии наук»

Аптамеры помогут победить COVID-19

10 февраля 2022 г. ФИЦ КНЦ CO РАН

Аптамеры помогут победить COVID-19

Ученые разработали инновационный метод компьютерного моделирования аптамеров. За счет него можно быстро получить аффинный агент для связывания с любым белком, для которого можно построить третичную структуру. В качестве примера создан аптамер связывающийся с белком шипа коронавируса. С его помощью исследователи планируют бороться с различными вариантами COVID-19 и другими подобными вирусами. Результаты исследования опубликованы в журнале Chemistry-A European Journal.


Пандемия COVID-19 показала, что вирусы представляют огромную угрозу для современного общества. Антитела, разработанные ранее для обнаружения и блокировки белков коронавирусов не всегда демонстрируют хорошее связывание с вирусом. Более того, для антител характерны плохая биодоступность, высокая стоимость и длительное время разработки и производства. Очевидно, что нужна новая методология быстрого конструирования устойчивых молекул, способных избирательно связываться с определенным белком-мишенью.

Международная группа ученых из России, Финляндии, Италии, Китая, Тайваня и Канады, в состав которой вошли исследователи ФИЦ «Красноярский научный центр СО РАН», разработала новую методику создания аптамеров для определения или «обезвреживания» вирусов. С ее помощью ученые создали новый 31-мерный ДНК-аптамер к шиповидному белку коронавируса.

Аптамеры представляют собой искусственные одноцепочечные молекулы РНК или ДНК. Их можно сконструировать так, чтобы они соединялись с белками-мишенями с высокой специфичностью и силой. Такие молекулы являются многообещающими для обнаружения SARSCoV-2 и блокирования его вирусной активности. Механизм их взаимодействия с мишенью аналогичен механизму антител. Они способны присоединяться к конкретной биологической мишени, например, белку шипа коронавируса, который важен для проникновения вируса в клетки хозяина.

Традицонно аптамеры выбирают в лабораторных условиях из ДНК-библиотек. Новый подход виртуального дизайна аптамеров, названный SIBDD (Structure and Interaction Based Drug Design), основан на знании о структурах молекул и силах их взаимодействия. Создание аптамеров по этой методике состоит из двух основных этапов: цифрового копьютерного моделирования и экспериментального анализа теоретических результатов. Сначала с помощью методов компьютерного моделирования с использованием суперкомпьютерных расчетов происходит поиск последовательностей нуклеотидов в аптамере, ответственных за селективное присоединение, и само конструирование структуры аптамера. Затем ученые проверяют отобранные варианты на их способность устанавливать связь с нужным белком. Как отмечают авторы технологии, она представляет собой комбинацию компьютерного моделирования, скрининга и направленного мутагенеза с экспериментальной проверкой в каждом цикле для получения молекул с высокой связываемостью и селективностью. Метод позволяет быстро разрабатывать молекулы для диагностики и терапии любых заболеваний с известной мишенью, в том числе SARS-CoV-2.

Кичкайло.jpg«Селекция аптамеров — сложный и трудоемкий процесс. Его можно упростить, сочетая вычисления и эксперименты. Мы разработали надежную технологию дизайна аптамера. Ее преимущество – в использовании мощности суперкомпьютера для быстрого конструирования молекул, блокирующих инфицирование вирусами. Это поможет, быстро и своевременно реагировать на потенциальные новые вирусы. Наш подход сочетает в себе несколько этапов: молекулярный дизайн, основанный на виртуальном скрининге библиотек аптамеров ДНК и направленном мутагенезе для увеличения соответствия третичной структуре белка; трехмерное молекулярное моделирование мишени и стыковки аптамера с белком; молекулярно-динамическое моделирование комплексов и квантово-механическая оценка взаимодействия между аптамером и мишенью с дальнейшим экспериментальным анализом. Эту методику можно использовать для улучшения структуры аптамера», – сообщила о результатах работы Анна Кичкайло, доктор биологических наук, заведующая лабораторией цифровых управляемых лекарств и тераностики ФИЦ КНЦ СО РАН, руководитель лаборатории биомолекулярных и медицинских технологий Красноярского государственного медицинского университета им. проф. В.Ф. Войно-Ясенецкого.

С помощью разработанной технологии исследователи создали модифицированный аптамер Apt31, который высоко специфичен к белку шипа коронавируса. По сравнению с используемыми ранее молекулами он обладает наиболее сильным связыванием с белком.

«Эффективность соединения Apt31 с белком шипа коронавируса была доказана с использованием трех различных экспериментальных методов. В настоящее время проводятся эксперименты по оценке противовирусных свойств Apt31. Можно предусмотреть два пути использования нового аптамера. Первый терапевтическое применение для предотвращения проникновения вируса в клетки человека, и второй — диагностическое использование для обнаружения присутствия вируса в биологических жидкостях. Предварительные результаты показывают, что полученные аптамеры являются многообещающими кандидатами для обнаружения и блокировки вируса SARS-CoV-2. Кроме того, разработанный нами подход для создания аптамеров может способствовать созданию диагностических и терапевтических средств для других вирусов семейства коронавирусов или их мутировавших вариантов. Учитывая высокую универсальность аптамеров, компьютерный дизайн молекул предлагает многообещающие возможности для разработки диагностических и терапевтических инструментов для других заболеваний», – заключила Анна Кичкайло.


Исследование выполнено в рамках проекта №21-73-20240 Российского научного фонда.





Поделиться:



Наверх