Размер:
A A A
Цвет: C C C
Изображения Вкл. Выкл.
Обычная версия сайта
Логин
Пароль
EN

Федеральный исследовательский центр 
«Красноярский научный центр
Сибирского отделения Российской академии наук»

 Федеральный исследовательский центр «Красноярский научный центр Сибирского отделения Российской академии наук»

Федеральный исследовательский центр 
«Красноярский научный центр
Сибирского отделения Российской академии наук»

Цифровая генетика теперь и в Красноярске

1 апреля 2022 г. Научно-исследовательский институт медицинских проблем Севера

Цифровая генетика теперь и в Красноярске

Молекулярные биологи НИИ медицинских проблем Севера СО РАН приняли участие в работе научно-практической школы по цифровой ПЦР: «dPCR — возможности и подходы». Генетическое оборудование, приобретенное в рамках развития приборной базы Центра коллективного пользования КНЦ СО РАН, открывает для ученых центра и Красноярска новые возможности.

В Новосибирске на базе Института химической биологии и фундаментальной медицины СО РАН прошла научно-практическая школа по цифровой ПЦР: «dPCR — возможности и подходы». Цифровая ПЦР (dPCR) считается третьим поколением полимеразной цепной реакции (ПЦР). Сегодня это самая передовая технология ПЦР, разработанная для специфического обнаружения и абсолютного количественного определения нуклеиновых кислот. Поэтому научно-практический семинар заинтересовал молекулярных биологов, биохимиков, медицинских генетиков, вирусологов и ученых-аграриев Сибирского региона (Новосибирск, Томск, Красноярск). Активное участие в работе школы приняли и наши молекулярные биологи – сотрудники группы молекулярно-генетических исследований НИИ медицинских проблем Севера ФИЦ КНЦ СО РАН.

Обучение работе за прибором

Однодневный обучающий курс состоял из теории и практики. В рамках школы был проведен эксперимент на приборе для dPCR «QIAcuity One» и обработаны полученные данные. Затем специалист в области цифровой ПЦР подробно объяснил, как интерпретировать получаемые результаты. Далее о собственном опыте работы на таком приборе рассказали ученые ИХБФМ.

Елена СавчикВ чем ценность семинара для ученых рассказала Елена Савчик — руководитель направления генетического анализа российской компании Аламед, официального дистрибьютора ультрасовременного научного оборудования: «Когда речь идет о поставке высокотехнологичного оборудования, стандартной процедурой является приезд в лабораторию пользователя специалиста производителя или нашей компании, который инсталлирует прибор и обучает персонал работе с ним. Обычно это проходит в формате тренинга для двух-трех человек лаборатории. Специалист поддержки объясняет, как пользоваться программным обеспечением, вместе с учеными делает тестовую постановку эксперимента.

Сегодня в Новосибирске проводится школа-семинар общего характера. Мы сделали упор на информирование о том, что такое цифровая ПЦР, почему она сейчас так востребована, ее возможности, преимущества и основные отличия от ПЦР в режиме реального времени. Работа с наукоемким оборудованием порой пугает людей, особенно неопытных пользователей, им кажется, что это очень сложно, дорого и у них недостаточно компетенций. На школе мы показываем, что это не так — все довольно просто. А если ученый имел опыт работы с ПЦР в режиме реального времени, то ему потребуются минимальные усилия, чтобы оптимизировать рабочий процесс. Основная задача нашей школы – популяризация методики и демонстрация возможностей цифровой ПЦР.

В Москве на базе Курчатовского института наша компания проводит такие школы регулярно, каждый месяц. В Новосибирске подобное мероприятие по цифровой ПЦР мы организуем впервые. В будущем планируем запустить их в Новосибирске также на регулярной основе. Формат семинара позволяет познакомиться большему числу специалистов с методикой и прибором».

dPCR (цПЦР) — это метод абсолютной количественной оценки искомых копий генетических материалов в образце. Приведем несколько примеров использования этой технологии учеными Новосибирска. Метод цифровой ПЦР используют для оцифровки стандартов при разработке диагностических систем, когда необходимо оценить чувствительность системы или нужен стандарт с известным количеством копий. После анализ можно проводить с помощью стандартной ПЦР-РВ, но изначально необходимо оцифровать исходный стандарт. Эту технологию уже применяли для изучения инфекции COVID-19, чтобы оценить количество копий вируса и стандарт чувствительности. Ее можно использовать и для исследования любых заболеваний или разработки каких-либо систем. С помощью цПЦР можно определить титр вирусных препаратов в работе с лентивирусными конструкциями, оценить копийность генов или возможность встройки в геном в процессе геномного редактирования. Также используется для подтверждения результатов, полученных секвенированием следующего поколения (NGS), с целью валидации новых вариантов. То есть эту технологию, кроме ученых, могут использовать фармацевтические компании и диагностические центры.

QIAcuity One

В России таких приборов всего несколько десятков. Единственная в Красноярске установка для проведения цифровой ПРЦ в 2021 году приобретена Красноярским региональным центром коллективного пользования ФИЦ КНЦ СО РАН и находится на базе НИИ медицинских проблем Севера. Сотрудники группы молекулярно-генетических исследований НИИ МПС под руководством ведущего научного сотрудника, кандидата биологических наук Марины Смольниковой прошли обучение и готовы делиться полученными знаниями с коллегами, а также проводить совместные исследования.

Марина СмольниковаОб участии в семинаре рассказывает Марина Смольникова: «Школа проводилась одной из ведущих компаний по поставке оборудования в России, и была проведена на очень высоком уровне. Сюда приехали больше 40 высококлассных специалистов Сибири. Это говорит о том, что методика очень востребованная и современная, требующая особого внимания в связи с ее высокой чувствительностью и уникальностью. Немаловажно, что вели школу специалисты, которые в Новосибирске уже активно используют в своей работе этот прибор и методику. Это было особо ценно для нас, т.к. мы получили информацию из первых рук о том, какие возможности дает технология. Коллеги поделились своим опытом, мы смогли задать им вопросы, обменяться контактами, чтобы общаться с опытными пользователями, это имеет большое значение при работе с новым прибором.

Много лет наш коллектив работает с молекулярно-генетическими методиками, начиная от классической ПЦР с детекцией продуктов амплификации с помощью электрофореза. Нами активно используется прибор Real-time PCR (кстати, того же производителя, что и цифровой прибор) для детекции точечных мутаций. Сейчас мы осваиваем работу на «QIAcuity One», к примеру, планируем детектировать бактериальные агенты в биологическом материале. Цифровая ПЦР демонстрирует беспрецедентные точность и чувствительность, мы это сегодня увидели в эксперименте. Использоваться технология может широко во многих научных направлениях. Матрицей для исследования являются нуклеиновые кислоты, а их содержат все живые организмы, в том числе бактерии, вирусы.

В ФИЦ КНЦ СО РАН ряд институтов занимаются изучением различных организмов, и хотелось бы, чтобы ученые обратили внимание на наличие прибора. На базе СФУ, КрасГМУ, КрасГАУ есть научные лаборатории, которым близки и интересны подобные исследования. Наша приборная база представлена широким спектром современного оборудования (можно посмотреть на нашей странице и также в разделе КРЦКП). Мы всегда открыты к сотрудничеству. Такое уникальное оборудование может быть полезным нашим коллегам из других институтов».






Поделиться:



Наверх